據美國CDC報道，非淋菌性尿道炎患者中，25%～55%的病例由沙眼衣原體(Chlamydiatrochomatis，Ct)引起，20%～40%的病例由解脲支原體(Ureaplasmaurealyticum，Uu)引起，2%～5%的病例由陰道毛滴蟲引起，單純皰疹病毒偶爾是NGU的病因。

尚有少數病例病因目前尚不明了。衣原體廣泛寄生于人類、哺乳動物及鳥類，僅少數致病，其中引起人類疾病的有沙眼衣原體、肺炎衣原體和鸚鵡熱衣原體。沙眼衣原體含4個生物變型(生物型)(biovar)，可能是不同的微生物。鼠和豬亞型尚未發現感染人類。第3種是引起性病淋巴肉芽腫的生物型，即LGV型。第4種生物型(沙眼型)主要引起生殖道感染和沙眼。沙眼生物變種又可分為A～K12種血清變型(血清型)(serovars)，A、B、Ba、C4種血清型引起沙眼，D～K8種血清型引起泌尿生殖系統感染。LGV可分為L1、L2、L33種血清型，引起性病性淋巴肉芽腫。

衣原體在細胞內生長繁殖，有獨特的發育周期，可觀察到兩種不同的顆粒結構，一種為始體(initialbody，繁殖型)，呈圓形或卵圓形；另一種為原體(elementarybody，感染型)，呈球型。每個發育周期約需40h。衣原體對熱敏感，56～60℃僅能存活5～10min，在-70℃可保存數年。0.1%甲醛或0.5%苯酚(石炭酸)可將衣原體在短期內殺死，75%乙醇在半分鐘內即可將衣原體殺死。